La Biblioteca conserva una ragguardevole collezione di incunaboli, pari a ben 814 testi tra italiani e stranieri contenuti in 742 volumi, stampati tra il 1470 e il 1500.

Si segnalano per pregio, tra gli altri, gli esemplari di Girolamo Savonarola, il Comento di Christophoro Landino fiorentino sopra la Comedia di Danthe Alighieri (1487)? e il Liber chronicarum di Hartmannus Schedel (1493), gli ultimi due corredati rispettivamente di xilografie e di illustrazioni realizzate a penna. La collezione, negli ultimi anni, ha visto un suo lento ma progressivo incremento in virtù, in particolare, di rinvenimenti nell’ampio patrimonio librario in attesa di catalogazione e di acquisti. Si ritiene, pertanto, che tale patrimonio non potrà che accrescersi ancora.

Analogamente a quanto indicato per gli incunaboli, negli ultimi anni un sensibile incremento ha interessato anche il già ricco fondo delle cinquecentine, che attualmente conta 12735 titoli. Tra di esse si segnalano le numerose edizioni provenienti da città aperte alla Riforma – quali Ginevra, Lione e Basilea tra le altre – a cavallo tra prima e seconda metà del XVI secolo, centri con i quali Lucca intratteneva importanti relazioni commerciali e le cui edizioni, oggi conservate presso la Biblioteca Statale, testimoniano una relativa ma inconsueta libertà nella circolazione di idee riformate.